Смекта - это не пробиотик. Лучше, конечно, свинкам флорентин или проколин (ветеринарные пробиотики), но у нас, например, флорентин-паста исчезла совсем.
Но сначала надо сделать анализ кала (если нет прямо жидкого поноса), возможно придется пить антибактериальные препараты, которые все равно поразят частично микрофлору.